La Bota de Oro nació durante la temporada  1967-1968, bajo el nombre de Soulier d'Or cuando el diario deportivo francés L'Equipe quiso premiar al máximo goleador de todas las ligas europeas a lo largo de aquella temporada. Para elegir al ganador se ponderaba únicamente el número de goles que era capaz de anotar.

El sistema se mantuvo invariable hasta 1991, año en el que la publicación francesa decidió retirar el carácter oficial del premio después de que la federación chipriota de fútbol reclamara el trofeo que ganó el macedonio Darko Pancev, apodado Kobra, impugnando el resultado final ya que un jugador de su liga había conseguido más tantos.

Pasados 15 años en el  2006, cuando Dragan Stojkovic, presidente del Estrella Roja yugoslavo donde jugó Pancev, medió con el organismo y con  Platini para que por fin le fueran reconocidos sus méritos goleadores. Aquel año Pancev marcó 34 tantos y ganó la Copa de Europa con su club, en la tanda de penales y metiendo el último lanzamiento.

En aquel momento la empresa alemana de fabricación de material deportivo Adidas tomó el relevo a L'Equipe y mantuvo vigente el premio hasta 1996.

A partir de 1997 la Bota de Oro pasó a ser responsabilidad de la European Sports Media, un conglomerado de publicaciones a nivel europeo dedicadas al fútbol donde la revista Don Balón representaba a España, que fue sustituida en 2011 por el diario Marca tras su desaparición. En ese momento se modificaron los criterios, estableciendo un sistema de puntuación ponderado que tenía en cuenta la importancia de cada liga, evitando que los jugadores de las ligas menores e inferiores desde el punto de vista competitivo tuvieran ventaja.

Desde entonces, el sistema de puntuación de la Bota de Oro se rige por diferentes criterios atendiendo a los coeficientes asignados por la UEFA para cada competición:

- España, Alemania, Francia, Inglaterra  e Italia puntúan cada gol con 2 puntos.

- Austria,  Bélgica,  Bulgaria,  República Checa , Croacia,  Escocia,  Grecia,  Holanda,  Israel,  Noruega,  Polonia,  Portugal,  Rusia,  Serbia,  Suiza,  Turquía  y Ucrania  puntúan cada gol con 1.5 puntos.

- Albania, Andorra, Armenia, Azerbaiyán, Bielorrusia,  Chipre,  Dinamarca, Eslovenia, Eslovaquia, Estonia, Finlandia, Islas Feroe, Georgia, Gales, Hungría, Irlanda, Islandia, Kazajistán, Lituania, Luxemburgo, Letonia, Macedonia, Moldavia, Montenegro, Rumania y Suecia puntúan cada gol con 1 punto.